Zwei Jahre nachdem Commander Shepard erfolgreich den Angriff der Reaper zurückdrängen konnte, die auf die Zerstörung allen organischen Lebens aus waren, bahnt sich nun ein neuer mysteriöser Feind an. Im Randgebiet des bereits erforschten Weltalls werden von etwas völlig Unbekanntem komplette Kolonien der Menschen entführt. Um diese Furcht einflößende und für die Menschheit größte Bedrohung aller Zeiten zu stoppen, liegt es nun an...